As origens da Escola Básica de Sernancelhe remontam ao ano de 1966 [ainda em pleno Estado Novo], quando, por ação do Pe. Cândido de Azevedo e de Laurentino Lages, secundados por alguns munícipes, foi criado, em regime de Externato, o colégio Infante Santo que, inicialmente, era propriedade da fábrica da Igreja de Sernancelhe.
1969 – Surge o primeiro imóvel com características e mobiliário digno de uma escola.
1971 – É criada a escola preparatória Dr. José Gama e Castro que funcionou no edifício principal do colégio, em sistema de arrendamento e em pré-fabricados, a sul da Avenida das Tílias, onde ainda se pode ver a cantina escolar então construída.
1975 – É criada a escola secundária de Sernancelhe. Neste mesmo ano o estado adquire o edifício junto da entidade detentora – o colégio do Infante Santo.
1979 – A escola preparatória Dr. José Gama e Castro, por disposição ministerial perde o nome e passa a designar-se Escola Preparatória de Sernancelhe.
1987 – Junção das duas escolas numa só: E.B. 2,3 de Sernancelhe.
1992 – No dia 20 de janeiro inauguram-se novas instalações no Lugar da Veiga. Uma construção moderna, construída pela Câmara Municipal, sob o patrocínio e comparticipação da DREC.
2003/2004 – Mediante ofício da Direção Regional de Educação do Norte [DREN], datado de 26/06/2003 passou a Agrupamento Vertical de Escolas. Era constituído por 21 escolas do 1.º CEB (com 140 alunos) e 1 escola EB 2,3 (com 380 alunos). Pouco depois passou a denominar-se Agrupamento de Escolas de Sernancelhe do qual faziam parte 3 polos escolares: Sernancelhe, Ferreirim, Carregal e os jardins-de-infância públicos do concelho.
Mais tarde adquiriu a denominação pela qual é atualmente conhecido: Agrupamento de Escolas Padre João Rodrigues – Sernancelhe.